Als die Wasserbauer im Vogelsberg angekommen waren, setzte ein Umdenken ein, ökologische Aspekte wurden wichtiger. Die Stadt Frankfurt trat mit den anderen Anrainern des Flusses zur „Niddakonferenz“ zusammen, um eine Planungsgrundlage für die gesamte Nidda auszuarbeiten. Die umfangreiche „Konzeption naturnahe Nidda“ wurde 1998 von der Stadtverordnetenversammlung beschlossen und ist seitdem Richtschnur für die Stadtverwaltung. Eine wesentliche planerische Zielvorgabe ist es, durch die Beseitigung von Wanderhindernissen die Durchgängigkeit des Flusses in Längsrichtung wieder herzustellen: Forelle, Barbe, Hasel und Döbel sollen sich im Fluss frei bewegen können. Ihr Entschluss wurde den Stadtverordneten leicht gemacht, weil schon 1993 in einer Machbarkeitsstudie („Wehrstudie“) aufgezeigt worden war, dass der Umbau der Nidda-Wehre möglich ist, ohne dass die gesetzten Randbedingungen verletzt werden: Die Hochwassersicherheit besonders für Siedlungen, Verkehrswege und Wasserschutzgebiete bleibt erhalten. Der Grundwasserspiegel verändert sich nicht wesentlich.